普段 WSL のターミナルで Git を使うときに Windows ネイティブの Git を使うように alias git=git.exe と指定していて、これでこれまでうまくいってた。
でも、WSL の Linux ファイルシステムで Windows 版 Git を使うと、Windows と Linux のファイルシステムの差異のためにファイルの実行パーミッションが Git から見えないことが分かった。
Linux アプリケーションを作っていて、実行可能なスクリプトなどを含める時は、Linux 版の Git を使う必要がある。