MSYS2 でユーザのホームディレクトリを Windows のホームディレクトリと同じにするには、/etc/nsswitch.conf を編集する。
diff --git a/nsswitch.conf b/nsswitch.conf
index 90404f6..a84adcb 100644
--- a/nsswitch.conf
+++ b/nsswitch.conf
@@ -5,7 +5,7 @@ group: files db
db_enum: cache builtin
-db_home: cygwin desc
+db_home: windows
db_shell: cygwin desc
db_gecos: cygwin desc